第五条(特定施設の設置の許可)
　関係府県の区域(政令で定める区域を除く。)において工場又は事業場から公共用水域(水質汚濁防止法(昭和四十五年法律第百三十八号)第二条第一項に規定する公共用水域をいう。以下同じ。)に水を排出する者は、特定施設(同条第二項に規定する特定施設又はダイオキシン類対策特別措置法(平成十一年法律第百五号)第十二条第一項第六号に規定する水質基準対象施設をいい、水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設又はダイオキシン類対策特別措置法第十二条第一項第六号に規定する水質基準対象施設を設置する工場又は事業場から公共用水域に排出される水(以下「排出水」という。)の一日当たりの最大量が五十立方メートル未満である場合における当該特定施設その他政令で定めるものを除く。以下同じ。)を設置しようとするときは、環境省令で定めるところにより、府県知事の許可を受けなければならない。

２　前項の許可を受けようとする者は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を府県知事に提出しなければならない。

　一　氏名又は名称及び住所並びに法人にあつては、その代表者の氏名
　二　工場又は事業場の名称及び所在地
　三　特定施設の種類
　四　特定施設の構造
　五　特定施設の使用の方法
　六　特定施設から排出される汚水又は廃液(以下「汚水等」という。)の処理の方法
　七　排出水の量(排水系統別の量を含む。)
　八　排出水の汚染状態(排水系統別の汚染状態を含む。)その他環境省令で定める事項

３　前項の申請書には、当該特定施設を設置することが環境に及ぼす影響についての調査の結果に基づく事前評価に関する事項を記載した書面を添附しなければならない。

４　府県知事は、第一項の許可の申請があつた場合には、遅滞なく、その概要を告示するとともに、前項の書面をその告示の日から三週間公衆の縦覧に供しなければならない。

５　府県知事は、前項の告示をしたときは、遅滞なく、その旨を当該特定施設の設置に関し環境保全上関係がある他の関係府県の知事及び市町村の長に通知し、期間を指定して当該関係府県知事及び当該市町村長の意見を求めなければならない。

６　第四項の告示があつたときは、当該特定施設の設置に関し利害関係を有する者は、同項の縦覧期間満了の日までに、当該府県知事に、第三項の事前評価に関する事項についての意見書を提出することができる。

７　第三項の事前評価に関し必要な事項は、環境省令で定める。

第六条(特定施設の設置の許可の基準)
　府県知事は、前条第一項の申請に係る特定施設が次の各号のいずれかに該当するものであると認めるときでなければ、同項の許可をしてはならない。

　一　廃棄物の処理を目的とする工場又は事業場に係るものであること。
　二　当該特定施設からの汚水等の排出が瀬戸内海の環境を保全する上において著しい
　　支障を生じさせるおそれがないものであること。

２　府県知事は、前条第一項の許可の申請に係る特定施設が前項第一号に該当する場合においても、同条第一項の許可については、当該特定施設を設置することが環境に及ぼす影響について十分配慮しなければならない。

第七条(特定施設に係る経過措置)
　第五条第一項に規定する区域において一の施設が特定施設となつた際現にその施設を設置している者(設置の工事をしている者を含む。)であつて排出水を排出するものは、当該施設について同項の許可を受けたものとみなす。

２　前項の規定により第五条第一項の許可を受けたものとみなされた者は、当該施設が特定施設となつた日から三十日以内に、環境省令で定めるところにより、同条第二項各号に掲げる事項を府県知事に届け出なければならない。以下　略

第八条(特定施設の構造等の変更)
　第五条第一項の許可を受けた者は、その許可に係る同条第二項第四号から第七号までに掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、府県知事の許可を受けなければならない。ただし、環境省令で定める軽微な変更については、この限りでない。

２　前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定める事項を記載した申請書を府県知事に提出しなければならない。

３　第五条第三項から第七項までの規定は第一項の許可の申請があつた場合(環境省令で定める場合を除く。)に、第六条の規定は同項の許可の申請があつた場合に準用する。

４　第五条第一項の許可を受けた者は、第一項ただし書の環境省令で定める軽微な変更をしたときは、その日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。

第九条(氏名等の変更)
　第五条第一項の許可を受けた者は、その許可に係る同条第二項第一号、第二号若しくは第八号に掲げる事項に変更があつたとき、又はその許可に係る特定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。

第十条(承継)
　第五条第一項の許可を受けた者からその許可に係る特定施設を譲り受け、又は借り受けた者は、当該特定施設に係る当該許可を受けた者の地位を承継する。

２　第五条第一項の許可を受けた者について相続、合併又は分割（その許可に係る特定施設を承継させるものに限る。）があつたときは、相続人、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人又は分割により当該特定施設を承継した法人は、当該許可を受けた者の地位を承継する。

３　前二項の規定により第五条第一項の許可を受けた者の地位を承継した者は、その承継があつた日から三十日以内に、その旨を府県知事に届け出なければならない。
　第十一条(違反に対する措置命令)
　府県知事は、第五条第一項の規定に違反して特定施設を設置した者又は第八条第一項の規定に違反して同項に規定する事項を変更した者に対して、当該特定施設の除却、操業の停止その他当該違反を是正するために必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。

第十二条(水質汚濁防止法等の適用関係)
　水質汚濁防止法第五条から第十条まで、第十一条第一項から第三項まで及び第二十三条第三項から第五項まで(同法第五条、第七条、第八条、第八条の二、第十条及び第十一条に係る部分に限る。)並びに海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律(昭和四十五年法律第百三十六号)第三十七条第一項の規定は、第五条第一項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者で特定地下浸透水(水質汚濁防止法第二条第七項に規定する特定地下浸透水をいう。次項において同じ。)を浸透させない者に係る当該特定施設については、適用しない。

２　略
３　略
４　略

５　ダイオキシン類対策特別措置法第12条から第19条まで及び第35条第２項から第４項まで（同法第12条、第14条から第16条まで、第18条及び第19　条に係る部分に限る。）の規定の適用については、第５条第１項に規定する区域において特定施設を設置する工場又は事業場から排出水を排出する者に係る当該特定施設は、同法第12条第１項第６号に規定する水質基準対象施設ではないものとみなす。

６　第５条第１項に規定する区域におけるダイオキシン類対策特別措置法第34条第１項の規定の適用については、同項中「この法律」とあるのは、「この法律（瀬戸内海環境保全特別措置法（昭和48年法律第110号）第５条から第11条までの規定を含む。）」とする。

第十二条の二(みなし指定地域特定施設に係る排出水の排出の規制等)
　略

第十二条の三(汚濁負荷量の総量の削減)
　環境大臣は、瀬戸内海における化学的酸素要求量に係る水質の汚濁の防止を図るため、第五条第一項に規定する区域について、化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量の総量の削減に関する水質汚濁防止法第四条の二第一項の総量削減基本方針を定めるものとする。

２　前項の総量削減基本方針及びこれに基づく汚濁負荷量の総量の削減に関する水質汚濁防止法の規定の適用については、同法の規定中「汚濁負荷量」とあるのは「化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量」と、「指定水域」とあるのは「瀬戸内海環境保全特別措置法第二条第一項に規定する瀬戸内海」と、「指定項目」とあるのは「化学的酸素要求量」と、「指定地域」とあるのは「瀬戸内海環境保全特別措置法第五条第一項に規定する区域」とする。