閉鎖性海域対策室は、平成１３年１月６日の環境省発足に伴い、それまでの瀬戸内海環境保全室の業務を引き継ぐとともに、国内の閉鎖性海域における環境保全に対応するため、水環境部に新たに設置された室です。
○閉鎖性海域対策室の主な業務
【瀬戸内海における環境保全対策】
●瀬戸内海環境保全特別措置法に基づく施策の実施
瀬戸内海においては、瀬戸内海環境保全特別措置法に基づき、瀬戸内海の環境保全に関する基本となるべき計画の策定、特定施設の設置許可制度、自然海浜保全地区制度、埋立てについての配慮等の施策を講じています。
●中央環境審議会瀬戸内海部会の事務
中央省庁改革等に伴う審議会の見直しにより、瀬戸内海の環境保全に関する重要事項は、中央環境審議会瀬戸内海部会で調査審議されることになりました。
●埋立ての環境影響評価に関する審査
瀬戸内海における事業等については、事業のアセスメントについて審査を行っていますが、特に埋立て事業については、閉鎖性海域である瀬戸内海の特殊性に配慮し、瀬戸内法に基づく「埋立ての基本方針」に基づき、慎重にに対処しています。
瀬戸内海のすばらしい環境を保全し、将来に継承するため、瀬戸内海法に基づき、瀬戸内海環境保全基本計画や府県計画が策定されています。
これらの計画の目標の実現に向けて、国は関係府県市と連携して、瀬戸内海法や他の法令に基づく各種施策を実施しています。
【閉鎖性海域における水質保全対策】
●閉鎖性海域における窒素・燐の排水規制
平成５年に海域の窒素及び燐に係る環境基準及び排水基準を設定し、閉鎖性が高く富栄養化のおそれのある88海域について排水規制を実施しています。
●水質総量規制の推進
広域的な閉鎖性水域においては、水質汚濁防止法に基づき、当該水域への汚濁負荷量を全体的に削減しようとする水質総量規制制度が設けられており、現在、東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海において、化学的酸素要求量（COD）を対象として実施されています。
現在、新たに窒素及び燐を総量規制の対象項目として指定し、富栄養化の防止に資するよう検討を進めています。